但留在巴黎的人员，起初勃艮第化，继而又向英国人的意愿屈服。巴黎大学在“英国人占领”期间最臭名昭著的插曲是它迫害贞德的暴行。通过把自己摆在同她——不顾热尔森的反对——对立的地位上，就不只是帮了它外国主子的一个忙。它还受到社会舆论的支配，这种社会舆论，就像《巴黎资产者》所流露的，对这位奥尔良少女极端仇视。它也表现出，那批自以为是的知识分子面对一个普通少女伟大光荣的天真与纯洁的无知，是多么无能，无法抛弃他们那学者的自傲。大家知道，巴黎大学对贞德进行了审讯，并带着毫不掩饰的自得对英王亨利六世通报了它的判决。
焚烧鲁昂女巫贞德的柴堆灰烬，给巴黎大学的声誉抹了黑。巴黎被收复以后，查理七世和后继的路易十一，都不信任巴黎大学这个“叛徒”，尽管巴黎大学支持他们的高卢主义政策，并决定拥戴国务诏书。
1437年国王查理七世撤消巴黎大学的税务特权，并迫使它为收复蒙特里奥而征收的“资助”提供资金。1445年，巴黎大学的法律特权也被撤消，大学被置于议会的管辖之下。国王查理七世支持1452年由教皇特使、迪斯都特维耶枢机主教执行的新的改组行动。1470年路易十一强使教师和学生中的勃艮第人宣誓效忠。最后，1499年巴黎大学失去了它的罢课权。它成了国王掌中之物。
在所有这些斗争中，教学内容又出现了什么变化呢？它为一个双重的发展所取代，这一发展使得经院哲学与人文主义之间的关系变得较易理解，二者的互相对立得到解释，并在这一理智的激烈论争中阐明从经院哲学向人文主义的过渡。
经院哲学的僵化
尽管有一些有趣的革新尝试，尽管有库萨的尼古拉的思想体系，他想把传统同新的需要协调一致，经院哲学仍然没有活力。它还进一步自相戕害。一方面有那些“古典派”，他们现在毫无生气，是理念化的亚里士多德和圣托马斯的信徒。另一方面有“现代派”，他们聚集在由奥卡姆倡导的唯名论的旗帜下。但他们仍在研究形式逻辑，无休无止地为词语的定义绞尽脑汁，拘泥于矫揉造作的分类和再分类，束缚在“术语学”之中。“古典派”在1474年敦促路易十一通过在1471年就已废除的公告，宣布禁止后者的学说与书籍。“现代派”中最活跃的是司各特分子，他们徒劳地试图把一种愈加拘泥文字的批判主义和一种愈加含混不清的信仰主义唯意志论 调和为一体。他们是伊拉斯谟与拉伯雷最喜欢嘲弄的对象，伊拉斯谟与拉伯雷把司各特分子当作经院哲学的化身，对他们大加讽刺与挖苦。此外，拉伯雷通过在年轻的庞大固埃在圣维克多图书馆翻阅的诙谐的目录中，把他们视为一丘之貉。在那里，按各种各样的次序被当成笑柄的有：“唯名论的十分机智的宣扬老”托马斯·布里考， 1490年以后巴黎司各特主义的首领彼埃尔·塔特莱，托马斯主义的革新者彼埃尔·克劳卡尔，以及声名狼藉的奥卡姆主义者诺埃尔·贝蒂尔，让·迈尔（麦约尔）和雅克·阿尔芒。
维庸也取笑经院哲学的咬文嚼字，他那心不在焉的耳朵，倒比那些在索邦神学院的课堂上只听见词句空洞声响的人管用。
我正要结束。在烛光下
我正好写出了最后的几页。
夜色来临，从索邦那里。
给我送来了钟声。
它召唤虔诚之徒，准备念
这时刻的“三钟经”。
我准备就绪，起身做祷告，
就像我的心要求我的那样。
这时候，就好像我曾痛饮
罪恶的和有毒的醪醇，
我的整个脑壳昏昏沉沉。
在一半纷乱的思绪里
我看到“记忆”太太
把各种各样边角杂料
——或真的或假的——塞进箱子柜子，
外加别的才智上的东西：
猜想力，评价力，
人们靠它们作出预测；
摹仿力和构形力，
在有些人想问题之前，
先造成了他们的梦游症。
啊，我曾经是个大笨蛋，
花费好几个夜晚，
攻读亚里士多德的废话。
这就是它变质的、漫画式的和腐朽不堪的经院哲学，人文主义者首先排斥它。
大学向人文主义开放
另一方面，大学的教学却向人文主义这一新潮流开放。首先是意大利的大学，经院哲学在那里没有形成像在巴黎和牛津那样的传统，那里古典时代的文学传统保存得更好，并通过罗马时代的更新再次获得了新生命，那里逃避土耳其人迫害的拜占廷学者的到来支持了古希腊文化的再度繁荣。在波伦亚，彼德罗·德·穆格利奥从1371年到1382年讲授修辞学，科卢乔·萨卢塔蒂也在那里作短时间停留。从1424年起，波伦亚大学开始希腊语的教学，费莱佛成功地使一部分原来不感兴趣的大学生为此欢欣鼓舞。最重要的，是1450年至1455年期间，有名的枢机主教贝萨利昂，作为向教皇与校长负责的城市最高长官，改组了波伦亚大学。从此以后，人文学科的学习（studia
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