这样，大学本身转化成暂时固定的权力机构，变成了所有主，它们在经济上的操心超过了社团事务和领地主权方面的经营管理。大学社团组织以前的荣誉标志，印章，现在变成了贵妇人的武器。
经院哲学的发展
与上述这一会社团体的发展相应的，是经院哲学的平行的发展，后者甚至否认自己的基本要求。我们将从 14世纪和15世纪极端复杂的哲学与神学中举出一些本质性的特征，这些特征表明它们已离开13世纪经院哲学的立场。这就是由邓斯·司各特和奥卡姆奠定基础的批判的和怀疑的思潮；由牛津的梅尔顿学会成员和巴黎的博士们（奥特雷柯尔，布里丹，欧雷斯默）发展为经验论的经验主义倾向；还有阿威罗伊主义，它从帕多瓦的马尔希留和尧顿的约翰起就主要同政治结合在一起（这一点下文将谈到），伟大的异教领袖威克利夫和扬·胡斯也部分地采用阿威罗伊的学说；最后是反唯智论，它很快使得中世纪衰亡时期的整个经院哲学黯然失色。它产生于埃克哈特长老的神秘主义理论中，并在十五世纪经由彼埃尔·戴利、热尔森和库萨的尼古拉而得到普及。
理性和信仰的分离
通过弗朗切斯各修会杰出的博士约翰·邓斯·司各特（1266－1308）和威廉·奥卡姆（约1300－纳1350），神学同经院哲学的首要问题，也就是理性与信仰的平衡问题，发生了争论。正像戈顿·勒夫正确地指出的，大约从1320年起，安瑟尔姆的“信仰寻求理智力”的传统就被抛弃了，随同被抛弃的是把创造物同神性统一为一体的努力。圣奥古斯丁的门徒和圣托马斯主义者虽工作方式不同，但都曾致力于这种统一。对此还需补充的是，在14和15世纪，圣奥古斯丁的思想比圣托马斯的思想流传更广，当时的思想家对此是持反对态度的。
邓斯·司各特第一个把理性从信仰的事里驱逐出去。上帝是这样自由，他是远离人类的理性的。上帝的自由变成了神学的中心问题，并且从此以后它对理性来说是无法接近的。威廉·奥卡姆继续了这项工作并通过把司各特学说的结论应用到人与上帝的关系上，完备了实践知识与理论知识的分离。他区分抽象的知识和直观的知识。和直观的知识不同，抽象的知识“并不足以使我们认识到，一个存在的事物是否存在或一个不存在的事物是否不存在……直观的知识则是这样一种知识，我们通过它认识到，存在的事物才存在，不存在的事物并不存在。”正如保罗·韦伊诺指出的，奥卡姆理论的逻辑，无疑并不一定通向怀疑论。认识过程并不是必然以认识对象的存在为前提的。真理通过两种完全不同的处理方式而得以达到：证据只涉及人们可以凭借经验加以确信的东西；其他的一切，都属于玄想的范围，不带有任何可靠性，最多不过是可能性。但这一原理经过奥卡姆本人着手应用到神学上去，导向了怀疑论。因为上帝只是由于它的万能得以阐明，现在“它变成类似某种不可确证的东西，它不再是万物的尺度……结果必然是，理性从此之后既无法支持也无法证实信仰。而且信仰只能退出讨论的舞台，让出地盘给事实，或者屈服于统辖整个非感性领域的怀疑。”
凯·米夏尔斯基曾详尽地说明，奥卡姆学说的信奉者是怎样从上述原理出发，把哲学和神学进一步发展为批判主义与怀疑论的。大学里的教育深深打上了这方面的烙印。迄今为止一直起着神学学说试金石作用的彼埃尔·朗巴德的《教父名言录》评注，现在越来越被鄙弃。奥卡姆以后，“问题”的数量减少了，并越来越集中在“上帝的万能”和“自由意志”上。与此同时，自然与神恩之间的平衡被打破了。人类可以不依靠“神恩”，实现上帝要求的一切。每一种教条主义的学说都变得毫无意义。所有的价值都受到怀疑。善与恶不再必定相互排斥。人类的力量只能与自然联系起来加以讨论，并与经验对照。
在另一方面，奥卡姆学说的反对者，像牛津的托马斯·布拉德瓦蒂纳，也走上同样的道路，提出同一类的问题。他们的权威主义，使教义的权威成为所有真理与全部知识的中心点，导致对理性同样彻底的排斥。正像戈顿·勒夫十分确切地分析的，如果没有上述的这一怀疑主义神学的破坏工作，“就既不可能有文艺复兴，也不可能有宗教改革”。从此以后，通向唯意志论的道路畅通了，它将以丑化和反常的形式宣布权力欲的合法性并为封建王侯的专制制度辩护。最后一点顾虑一扫而空，卡勃利尔·毕尔就是这样一个例子，他声明要为他的老师奥卡姆辩护，不管怎样他没有背叛他的知识分子的职责：“如果一门神学不能为信仰提供一点理解和论据，那将是可耻的。”或者如彼埃尔·戴利，他提出一个纯修辞学的保留意见：“正因为我们的信仰是真实和十分有益的，如果不能以可信的论证为它辩护和给予它支持，那是不合适的。”
经验科学的局限
上述批判主义学说，构成梅尔顿学派成员的逻辑学和科学著作的基础，如威廉·哈埃脱斯伯里和理查德·斯旺斯赫德——另外也体现在格罗塞特斯特和罗吉尔·培根的著作中——以及巴黎人奥托雷柯尔的尼古拉，约翰·布里丹，萨克森的阿尔贝特，欧雷斯默的尼古拉等人的著作。他们满足于经验：“我不谎称所有一切都是确凿无疑，而只要求神学家先生向我说清楚，这一切怎么会发生。”
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