一次是鸣人出生之际、佐助仍为婴儿之时，宇智波带土佯装成宇智波斑袭击木叶，引起了暴乱，最终，四代目及其夫人以牺牲生命为代价，将九尾封印在了鸣人体内，从而结束了战斗。
而宇智波一族与村子之间的关系也由此变得十分紧张；
而第二次九尾之乱，其间的因果如同锁链一般环环相扣，似偶然，亦似必然。
佐助再世重生，一番波折后，恶敌团藏被除，佐助顺利夺回了被移植在团藏手臂上的两双万花筒写轮眼。
当时佐助本想将这两双万花筒写轮眼物归原主，查明真相后才知道，这两双眼睛的主人，一个被团藏陷害后昏迷不醒、另一个则早已被团藏毁尸灭迹，不在人世了……佐助知道真相后，不禁自责自己没能早点挽救族人……
事后他便将一双万花筒写轮悄悄还给了那位昏迷的族人，又将另一双万花筒写轮眼封印到卷轴里。
本以为事情已经告一段落，却不料那个昏迷不醒的族人竟自己苏醒了过来，并且苏醒过来的第一件事情便是寻找团藏。但是，他并没有往团藏身上找到自己想要的东西。
原来，先前那两双写轮眼的主人是一对恋人。当时有传言说：不知什么时候起，那个族人便一直在重复一句话“团藏的尸体上没有她的眼睛”，像发了疯一般精神恍惚。
不久之后便销声匿迹，宇智波一族的人都以为他失踪或是死了。由于那人没有什么亲人和朋友，所以当时他离族的事情也没有掀起什么风雨……
后来，这名族人被宇智波带土发现并利用、诱导，开始向往着无限月读的世界——一个他的恋人也同样存在的世界。他研习秘术，协助宇智波带土将九尾从鸣人的身体中剥离了出来，掀起了第二次九尾之乱。
第二次九尾之乱爆发之际，佐助与鼬率先找到了隐藏在暗处、操控着九尾的宇智波带土，为了阻止九尾继续破坏村子，鼬与带土展开了激烈的斗争，而佐助则暂时与鼬分离，转向九尾周围的战场。
当时佐助想到，身为人柱力的鸣人失去了尾兽，难免会有生命危险……而当佐助急忙找到鸣人的时候，却发现鸣人昏迷不醒。而鸣人的身边有一个人，正在施展秘术，阻止九尾回到鸣人的体内。
让佐助感到十分意外的是，那个在鸣人身边的施术者，竟是曾经那位被团藏陷害的那位族人！
佐助记得，那个族人的名字，叫做隐——宇智波隐。
当时佐助为了解救鸣人，与宇智波隐进行了战斗，又用月读取了宇智波隐的记忆，才得知了事情的真相：原来，宇智波隐苦苦寻觅的恋人的双眼，便是佐助放入卷轴里的那双眼……恋人尸骨无存的真相让宇智波隐始终无法接受，所以宇智波隐才开始无比地渴望着，那无限月读下“爱人同在”的世界。
佐助感到十分悔恨与遗憾，他本以为自己能为宇智波一族做出贡献，却不料反而间接地引起了更大的祸害。
于是，佐助用那双尘封在卷轴里的写轮眼，发动了“伊邪那美”，以此制裁了宇智波隐。
宇智波隐的事暂且平息，九尾却还处于被宇智波带土控制的状态下，于是佐助利用了自己的轮回眼，成功地从带土争取了九尾的控制权。九尾也顺利回到了鸣人的体内。
战事虽息，而九尾给村子带来的灾难，无疑会再次给村子和宇智波一族的关系蒙上一层冰霜。
最终，佐助为了维护宇智波一族和村子之间好不容易建立起来的信任，牺牲了自己——他利用了大蛇丸在自己留下的天之咒印，用计把罪名转移到大蛇丸和自己的身上……
至此，第二次九尾之乱，才告一段落……
……
我叫宇智波隐。
我一直是孤身一人。
我的父母是在我很小的时候去世的。他们是在第三次忍战的时候死的。
我记不太清了。还好我没有记得太清楚，这样偶尔想到的时候，就不会觉得难受。
我本以为，我会像我的名字一般，无声无息地隐没于这世间。
直到我遇到了我今生最重要的人……
她开心时，仿佛整个世界都明艳了起来；她悲伤时，
仿佛整个世界都毫无生气……
但其实世界没有任何变化，变化的只是我的世界罢了……
她有开心的时候。
她常笑着对我说说：“你这呆瓜，比木头还木！”
她也有悲痛的时候。
我见过她哭，眼泪从她的眼眶掉落的时候，那双写轮眼也变了纹路、变得更加鲜红。
我暗地里喜欢上了她，但是我觉得她早已看出来了，只是她喜欢看我有些笨拙的模样，没有拆穿罢了。
我从来没有想过，有一天，我会失去她……
那日我鼓起勇气想要向她表明心迹，约了她在老地方见面，她却久久不来应约。
本以为自己是被拒绝了，毕竟没有人会喜欢一个又木又糙的男人。
可是她竟然就这样突然失踪了。
没有人能找得到她。
我觉得十分心慌，没日没夜地寻找她……
所有人都放弃了，我感到心灰意冷。
直到一个夜晚，我独自遇到几个不明来历的暗卫，他们用一种张狂的语气说道：“你想知道，你的恋人究竟经历了什么吗？”
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